Apple ID連携の手続きをおこなった際、上記の画面が表示された場合、下記の可能性が考えられます。

1. すでに別のニコニコアカウントと連携している
2. Apple IDアカウントで別途ニコニコアカウントを新規登録した

Apple IDアカウント1つに対し、ニコニコアカウントは1つしか連携できません。
連携済みのアカウントは、ニコニコログインフォームの「Appleでログイン」ボタンをクリックしてログインすると確認できます。
ご参考：Apple IDアカウントでニコニコにログイン(連携)する方法

ログイン後、マイページに表示されているIDの数字がご自身が現在お使いのIDと同じであるかご確認ください。

数字が異なっている場合は、上記【1】か【2】のどちらかの可能性がございます。

再度ご希望のニコニコアカウントと連携をおこないたい場合は、一旦連携がおこなわれているアカウントでApple ID連携を解除、もしくはアカウントを退会いただき、再度ご希望のアカウントでApple ID連携をお試しください。