ライセンスは下記手順で削除できます。
 

1. ニコニ・コモンズマイページから「登録ライセンス」の項目でもっと見るを選択
2. 対象ライセンス横の「削除する」をクリック
3. 確認画面で「OK」をクリック

ライセンスを削除すると利用許諾が終了したことになり、他のユーザーはそのライセンスを利用した派生作品を公開することができなくなりますのでご注意ください。
削除の前に公開されている派生作品であれば、引き続き公開できます。